La AEC ha firmado Acuerdos de Cooperación e iniciado contactos con varias Agencias de Cooperación y agencias donantes, con la finalidad de solicitar el posible financiamiento de sus proyectos. Distintos países han sido aceptados como Observadores, los cuales pueden hacer también contribuciones - financieras o de otro tipo - al Fondo Especial. Se han recibido ofrecimientos de ayuda técnica de varios de los Países Observadores, y la cooperación bilateral se ha podido materializar con algunos de ellos; con otros se han presentado propuestas iniciales sobre la posibilidad de una cooperación bilateral con la AEC.
La AEC fue aceptada como Observador de las Naciones Unidas en 1998, lo cual debe posibilitarle cierto acceso a los fondos y recursos de varias facilidades disponibles de las NU.
Desde su creación, la Secretaría General ha recibido la cooperación en especie de los Países Miembros y/o agencias de cooperación internacional. Esta cooperación en especie se ha visto plasmada en ayuda de consultoría o personal que ha venido a trabajar a la Secretaría General por periodos de tiempo (varios meses), cuyos costos han sido cubiertos por los Gobiernos que los han enviado. En otros casos se ha recibido ayuda financiera directa.
La Unión Internacional de Instituciones Técnicas, el Programa Medioambiental de las Naciones Unidas (PNUMA), el Instituto Interamericano para la Cooperación en la Agricultura (IICA), la Organización Latinoamericana de Energía (OLADE), TARCT, la Organización de Estados Americanos (OEA), el Banco de Desarrollo del Caribe (CDB), el Gobierno alemán, el Gobierno francés, la Comisión Económica para América Latina y el Caribe (CEPAL), el Programa para el Desarrollo de las Naciones Unidas (PNUD), el Consejo Regional de Martinica, el Banco Interamericano de Desarrollo (BID) y la Organización para la Educación, la Ciencia y la Cultura de las Naciones Unidas (UNESCO), han ofrecido ayuda financiera o técnica.
En el 2001/2002, los esfuerzos del Fondo Especial han desembocado en:
Se firmó un Acuerdo Protocolo con el Fondo de la Organización de Países Exportadores de Petróleo (OPEP) para el Desarrollo Internacional, gracias al generoso apoyo del Banco de Desarrollo Económico y Social de Venezuela -BANDES- el cual representa al Gobierno de Venezuela en la Junta del Fondo de la OPEP para el Desarrollo Internacional.
Este acuerdo conllevará a una intensificación del papel de la AEC en la promoción del Fondo de la OPEP para el Desarrollo Internacional en el Gran Caribe.
Conclusión del Acuerdo de Cooperación con la Organización Internacional de la Francofonía para fortalecer las capacidades del idioma francés de la Secretaría General de la AEC y de todo el Gran Caribe.
Se firmó el 11 de diciembre de 2002 un Memorándum de Entendimiento (MoU) con el Banco Interamericano de Desarrollo (BID).
Reconocimiento de la Secretaría General de la AEC como una agencia ejecutora para el programa de 24 millones de euros Interreg III B - Espacio Caribeño, aprobado por la Comisión Europea el 21 de mayo de 2002.
Los principales objetivos que persigue el Programa Interreg III Espacio Caribeño, son promover la cooperación regional en la cuenca del Caribe y una mayor cohesión e integración económica, social y regional, entre Guadalupe, Martinica y la Guyana Francesa, y sus países vecinos, con la finalidad de alcanzar un desarrollo sostenible, balanceado y armonioso.